Die QS Qualität und Sicherheit GmbH hat einen anerkannten Standard, das QS-Prüfsystem für Lebensmittel, kurz QS-System entwickelt. Es schreibt spezifische Standards und Kontrollen für jede Stufe der Wertschöpfungskette von der Erzeugung über die Verarbeitung bis zur Vermarktung von bestimmten Lebensmitteln vor und sichert damit stufenübergreifend Qualität, Prozesse und Rückverfolgbarkeit.

Die QS Qualität und Sicherheit GmbH verwaltet und pflegt das QS-Prüfsystem für Lebensmittel. Sie lässt die Zertifizierungsstellen zu, die nach Maßgabe des QS-Prüfsystems auditieren und zertifizieren dürfen, organisiert die Prüfung und Zulassung der Auditoren und unterhält ein Internet-Audit-Portal unter www.q-s.de.
Im Systemhandbuch der QS Qualität und Sicherheit GmbH können alle Dokumente zum Prüfsystem jederzeit in aktualisierter Version eingesehen und auf der Website heruntergeladen werden (Leitfäden, Checklisten, Arbeitshilfen). Das Systemhandbuch ist das „normative Dokument“ für die Vergabe, Überwachung und Verwendung des QS-Prüfzeichens, welches ein geschütztes (kein gesetzliches) Konformitätszeichen für Produkte ist.

Das QS-Prüfzeichen findet sich auf vielen frischen deutschen und ausländischen Lebensmitteln des Lebensmitteleinzelhandels, wie Fleisch, Fleischwaren und Wurst sowie auf frischem Obst, Gemüse, Kartoffeln und auf frischen Küchenkräutern. Für andere Lebensmittel, wie z.B. Milch, Fisch und Eier darf es dagegen nicht verwendet werden. Grundsätzlich dürfen nur Produkte mit dem QS-Prüfzeichen ausgezeichnet werden, die nach den Anforderungen des QS-Systems hergestellt und vermarktet wurden.

Nur Zertifizierungsstellen und Auditoren, die den Anforderungen der QS Qualität und Sicherheit GmbH genügen, werden nach einem objektiven Auswahlverfahren und erfolgreicher Prüfung zugelassen. Die Auditoren führen die neutrale Kontrolle vor Ort in den Betrieben durch und sammeln Nachweise, die verifizieren, dass der zu zertifizierende Betrieb (Systempartner) die QS-Anforderungen einhält.

Erfüllt das jeweilige Unternehmen die Anforderungen des QS-Standards, wird dies durch ein Zertifikat der Zertifizierungsstelle bestätigt.
Die QS-Datenbank erfasst in einem passwortgeschützten Bereich alle Stammdaten der Zertifizierungsstellen und der Systempartner sowie die Audit- und Zertifizierungsergebnisse.